写在开头
好像一直比较习惯用专门的软件去使用linux以及R语言， 比如说R语言我就是用Rstudio或者网页版的Rstudio server
至于使用服务器的linux命令，之前用Xshell现在用Termius
虽然课上有时候跑单细胞数据，整理文件的时候，也会和同学们简单使用里面的terminal运行一点解压或者移动文件的命令，但终究不常用。
既然写到这了，顺带一提， 在本地的terminal里面解压tar文件，要按照格式使用对应的参数，比如下载下来的单细胞数据时.tar的压缩文件，那么参数就只需要 xvf 即可
tar -xvf GSE163558_RAW.tar
要理解参数的意思，不能像我一样，记得的参数就往上面靠！
termius使用
termius和Xshell一样，个人认为都是一个桥接服务器的软件，我们可以使用termius登陆服务器，然后就在上面使用linux命令分析数据什么的
在生信入门班 第三周的课程主要讲到的就是linux常用命令，使用的软件就是termius！
常用命令也不算特别多，就是一些文本处理——三驾马车以及vim编辑器，conda安装常用软件，以及一些shell脚本编程
不过工作之后，使用R语言跑单细胞下游分析比较多，所以用网页版的Rstudio会更多一些，直接用termius反而少了。
有时候传文件或者需要处理一些上游的数据的时候，还是会用到termius，可谓是做到linux和R语言互相独立了哈哈哈哈哈！
Terminal可视化运行shell脚本
Terminal可视化运行shell脚本也是入组之后学到的新知识！
最开始我很不适应也不能接受，为什么linux的操作命令不用专门的软件，而是要用Rstudio里面的Terminal啊！我不理解并且大为震惊，然后用完发现真香！
所以且听我来分享一下使用的体会！
最主要的就是可以边运行代码，边添加注释，然后可以想运行哪行就运行哪行，就算是报错也不用担心需要全部重新运行。
1. 新建shell脚本
没想到啊， Rstudio里面除了可以新建R语言相关的文件之外，还能新建比如C语言、python以及shell脚本！
打开File——New File——找到需要的编程语言，新建脚本即可！
2. 代码及注释信息整理
代码和注释信息整理和shell脚本或者R语言脚本是一致的，按照相应的代码规则整理即可，注释信息还是以#号开头
3. shell脚本中代码运行
能可视化的运行脚本内容是我觉得比较方便的一个点，之前写脚本，基本上是先把代码调试好，然后放到脚本里面，bash直接运行。
当出了一些报错或者中断的时候就会需要重新运行一遍，比较浪费时间。
但是 在Rstudio里面借助Terminal使用shell脚本，既可以避免一行行输入命令的麻烦，又可以可视化的运行调试代码，岂不乐哉！
shell脚本里面代码运行和R语言脚本里面是一致的，将光标定位到需要运行的代码行之后，点击Run或者ctrl+Enter的快捷键运行代码即可！
好啦接下来该学习一下宏基因组的内容，学会了就整理相关的笔记hhh！